Nach der Räumung auf dem Vauban-Gelände war die Stadt aufgrund des gesellschaftlichen Drucks 1997 gezwungen, Verhandlungen anzubieten, um den "sozialen Frieden" in Freiburg zu wahren.

Ein tatsächlicher Aspekt des städtischen Verhandlungsangebots bestand hauptsächlich darin, Freiburgs linksradikale Szene zu befrieden. Nach vielen zähen Gesprächen, öffentlichkeitswirksamen Aktionen der KTS und einigen Scheinangeboten der Stadt, zeichnete sich doch noch eine Lösung ab.

Ein bereits seit längerer Zeit nur noch teilgenutztes Betriebswerk der Deutschen Bahn in der Baslerstrasse 103 wurde von der Stadt angemietet und der KTS zur Verfügung gestellt. Die Stadt gewährt einen Zuschuss für Teile der Umbaumassnahmen, die sich bis in den Herbst 1998 erstreckten. Unter teilweise schwierigen Bedingungen, mit viel Engagement und Tatkraft konnte die neue KTS soweit für den Betrieb fertig gestellt werden.

Die neuen Räume im Bahnbetriebswerk werden offiziell am 14. Februar 1999 eröffnet, auch der Infoladen zieht wieder in die KTS. Ihm folgen im Lauf der Jahre noch mehrer Initiativen und Gruppen.
6 Jahre KTS werden am 24 März 2000 mit diversen Veranstaltungen gefeiert.

Im Januar 2002 erscheint dann der erste Koraktor, in welchem von nun an auch das KTS-Programm enthalten ist und die KTS lebte bis zum 3.Februar 2004, mehr oder weniger unbehelligt in den Räumen in der Basler Straße.